Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ)

Расширенный поиск
Доступ открыт Открытый доступ  Доступ закрыт Только для подписчиков

Быстрая диагностика генитального герпеса методом петлевой изотермической амплификации ДНК с флуоресцентной детекцией

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-6-40-46

Полный текст:

Аннотация

Введение. В связи с высокой клинической значимостью герпесвирусных заболеваний актуален поиск быстрых и эффективных методов их диагностики.

Целью работы была оценка диагностической эффективности метода петлевой изотермической амплификации ДНК с флуоресцентной детекцией в режиме реального времени (LAMP-РВ) с красителем SYTO-82 на модели инфекции вирусов простого герпеса (ВПГ).

Материалы и методы. Исследовано 44 урогенитальных соскоба, содержащих ДНК ВПГ 1-го и 2-го типа; 43 соскоба, не содержащих ДНК ВПГ, 33 из которых содержали ДНК цитомегаловируса, вируса Эпштейна–Барр и вируса герпеса 6-го типа. Для постановки LAMP-РВ использовали ДНК-полимеразу Bst 2.0 WarmStart, краситель SYTO-82, праймеры для LAMP.

Результаты. Показана высокая эффективность использования красителя SYTO-82 для детекции ДНК ВПГ 1-го и 2-го типа в реакции LAMP-РВ. В оптимальных условиях реакция LAMP-РВ позволяла в 2–3 раза сократить время реакции по сравнению с полимеразной цепной реакцией в реальном времени (ПЦР-РВ) – до 35 мин. Аналитическая чувствительность выявления ВПГ 1-го и 2-го типа в LAMP-РВ составила 103 копий ДНК/мл. Диагностическая чувствительность и специфичность LAMP-диагностики ВПГ-инфекции составили 96 и 100% соответственно.

Обсуждение. Метод LAMP-РВ обладает высокой, сопоставимой с ПЦР-РВ чувствительностью и специфичностью, при этом риск получения ложноположительных результатов минимален.

Заключение. Реакция LAMP-РВ с красителем SYTO-82 позволяет быстро, с высо- кой чувствительностью и специфичностью выявлять ДНК ВПГ в клиническом материале и может рассматриваться как перспективный метод диагностики герпесвирусных инфекций на месте лечения.

Об авторах

Д. И. Смирнова
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
115088, г. Москва, Россия


О. А. Петруша
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
115088, г. Москва, Россия


А. В. Грачёва
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
115088, г. Москва, Россия


Е. А. Волынская
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
115088, г. Москва, Россия


В. В. Зверев
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
115088, г. Москва, Россия


Е. Б. Файзулоев
ФГБНУ НИИ вакцин и сывороток им. И.И. Мечникова
Россия
Файзулоев Евгений Бахтиерович, канд. биол. наук, заместитель директора по научной работе, 115088, г. Москва, Россия


Список литературы

1. Половцева Т. В., Каражас Н.В., Калугина М.Ю., Мамедова Е.А., Финогенова Н.А., Лаврентьева И.Н. Диагностика герпесвирусной инфекции у детей раннего возраста. Детские инфекции. 2012; 11(2): 51-3.

2. Сижажева А.М., Сижажева А.Л. Лабораторная диагностика герпесвирусной инфекции методом ПЦР. Инновационная наука. 2015; (12-2): 286-9.

3. Хрянин А.А. Герпес под подушкой. Распространённость вируса простого герпеса в российской популяции: многолетний мониторинг. Status Praesens. 2013; 6(17): 69-76.

4. Notomi T., Okayama H., Masubuchi H., Yonekawa T., Watanabe K., Amino N., et al. Loop mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000; 28(12): E63. Doi: https://doi.org/10.1093/nar/28.12.e63

5. Oscorbin I.P., Belousova E.A., Zakabunin A.I., Boyarskikh U.A., Filipenko M.L. Comparison of fluorescent intercalating dyes for quantitative loop-mediated isothermal amplification (qLAMP). Biotechniques. 2016; 61(1): 20-5. Doi: https://doi.org/10.2144/000114432

6. Namvar L., Olofsson S., Bergström T., Lindh M. Detection and typing of Herpes Simplex virus (HSV) in mucocutaneous samples by TaqMan PCR targeting a gB segment homologous for HSV types 1 and 2. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(5): 2058-64. Doi: https://doi.org/10.1128/JCM.43.5.2058-2064.2005

7. Enomoto Y., Yoshikawa T., Ihira M., Akimoto S., Miyake F., Usui C., et al. Rapid Diagnosis of Herpes Simplex Virus Infection by a Loop-Mediated Isothermal Amplification Method. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(2): 951-5. Doi: https://doi.org/10.1128/JCM.43.2.951-955.2005

8. Kaneko H., Iida T., Aoki K., Ohno S., Suzutani T. Sensitive and Rapid Detection of Herpes Simplex Virus and Varicella-Zoster Virus DNA by Loop-Mediated Isothermal Amplification. J. Clin. Microbiol. 2005; 43(7): 3290-6. Doi: https://doi.org/10.1128/JCM.43.7.3290-3296.2005

9. Nagamine, K., Hase T., Notomi T. Accelerated reaction by loop-mediated isothermal amplification using loop primers. Mol. Cell. Probes. 2002; 16(3): 223-9. Doi: https://doi.org/10.1006/mcpr.2002.0415

10. Петруша О.А., Черниченко Т.Л., Кофиади И.А., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б. Эффективность метода петлевой изотермической амплификации с флуоресцентной детекцией в диагностике парвовирусного энтерита у плотоядных. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2019; 1(1): 90-5.


Для цитирования:


Смирнова Д.И., Петруша О.А., Грачёва А.В., Волынская Е.А., Зверев В.В., Файзулоев Е.Б. Быстрая диагностика генитального герпеса методом петлевой изотермической амплификации ДНК с флуоресцентной детекцией. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ). 2019;(6):40-46. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-6-40-46

For citation:


Smirnova D.I., Petrusha O.A., Gracheva A.V., Volynskaya E.A., Zverev V.V., Faizuloev E.B. Rapid diagnostics of genital herpes by loop-mediated isothermal amplification method with fluorescent detection. Journal of microbiology epidemiology immunobiology. 2019;(6):40-46. (In Russ.) https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-6-40-46

Просмотров: 92


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)