Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Расширенный поиск

Разработка схемы генотипирования возбудителя сапа на основе мультилокусного анализа числа вариабельных тандемных повторов

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2019-5-8-16

Полный текст:

Аннотация

Цель. Разработка сокращенной схемы MLVA-типирования возбудителя сапа и оценка возможности ее применения для дифференциации штаммов B. mallei и изучения их генетического полиморфизма.

Материалы и методы. Объектами исследования служили 14 штаммов Burkholderia mallei из коллекции Волгоградского научно-исследовательского противочумного института и 12 полногеномных нуклеотидных последовательностей штаммов возбудителя сапа, представленных в GenBank NCBI. При выборе VNTR-локусов для типирования возбудителя сапа использовали набор из 32 локусов, предложенных для дифференциации возбудителя мелиоидоза. Для определения размера VNTR-фрагментов использовали электрофорез в полиакриламидном геле, секвенирование и фрагментный анализ.

Результаты. Выбраны наиболее вариабельные у возбудителя сапа VNTR-локусы (993, 3145, 3652, 20, 2862 и 1217), которые включены в итоговую схему MLVAтипирования. Оптимизированы условия проведения и учета результатов MLVA-типирования.

Заключение. Анализ результатов типирования 26 штаммов B. mallei показал высокую дискриминирующую силу разработанного способа внутривидовой дифференциации возбудителя сапа на основе 6-локусной MLVA-схемы и перспективность его использования при эпидемиологическом расследовании для установления источника вспышки сапа.

Об авторах

О С. Бондарева
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
400131, Волгоград, ул. Голубинская, 7


Г. А. Ткаченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


М. Л. Леденева
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


А. А. Батурин
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


Л. В. Лемасова
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


И. М. Шпак
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


А. А. Будченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия
Волгоград


Список литературы

1. Антонов В.А., Алтухова В.В., Савченко С.С., Замараев В.С., Илюхин В.И., Алексеев В.В. Использование мультилокусного сиквенс-типирования (MLST) и амплификации с произвольными праймерами (RAPD) для дифференциации штаммов возбудителя сапа. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2007, 3: 3-9.

2. Бондарева О.С., Савченко С.С., Ткаченко Г.А., Леденева М.Л., Лемасова Л.В., Антонов В.А. Генотипирование штаммов Burkholderia mallei на основе метода амплификации дифференцирующих фрагментов ДНК. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2016, 1(34): 33-37.

3. Водопьянов А.С., Мишанькин Б.Н., Павлович Н.В., Пичурина Н.Л. Генотипическая гетерогенность и географическое разнообразие коллекционных штаммов Francisella tularensis по данным VNTR-анализа их ДНК. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2007, 2: 33-40.

4. Евсеева В.В., Платонов М.Е., Говорунов И.Г., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Дентовская С.В., Куличенко А.Н., Анисимов А.П. Сравнительный анализ MLVA25- и MLVA7-типирования по способности определять очаговую принадлежность штаммов Yersinia pestis на примере изолятов из центральнокавказского высокогорного очага чумы. Мол. генет. микробиол. вирусол. 2016, 1(34): 37-40.

5. Никифоров В.В., Мельникова Л.И., Зарьков К.А., Кузовлев О.П., Лактионова Л.В., Зиновьев Г.А., Жданов А.С. Сап: случай из практики. Инфекционные болезни. 2005, 3(1): 89-92.

6. А. В. Топорков и др. Мелиоидоз и сап: коллективная монография (под ред. А.В. Топоркова). Волгогр. науч.-исслед. противочум. ин-т. Волгоград, «Волга-Пресс», 2016.

7. Hunter P.R., Gaston M.A. Numerical index of the discriminatory ability of typing systems: an application of Simpson’s index of diversity. J. Clin Microbiol. 1988, 26(11): 2465-2466.

8. Hornstra H., Pearson T., Georgia S. et al. Molecular epidemiology of glanders, Pakistan. Emerg. Infect. Dis. 2009, 15(12): 2036-2039.

9. Kettle A.N., Wernery U. Glanders and the risk for its introduction through the international movement of horses. Equine Vet. J. 2016, 48(5): 654-658.

10. Klevytska A.M., Price L.B., Schupp J.M. et al. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome. J. Clin. Microbiol. 2001, 39(9): 3179-3185.

11. Wernery U., Wernery R., Joseph M. et al. Natural Burkholderia mallei infection in Dromedary, Bahrain. Emerg. Infect. Dis. 2011, 17(7): 1277-1279.


Просмотров: 245


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)