Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Расширенный поиск

ВЫЯВЛЕНИЕ ОСОБЕННОСТЕЙ МАСС-СПЕКТРОВ БЕЛКОВЫХ ЭКСТРАКТОВ СПОРОВОЙ И ВЕГЕТАТИВНОЙ ФОРМ ВОЗБУДИТЕЛЯ СИБИРСКОЙ ЯЗВЫ МЕТОДОМ ВРЕМЯПРОЛЕТНОЙ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИИ

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-6-66-72

Полный текст:

Аннотация

Цель. Исследование особенностей белковых профилей споровой и вегетативной форм сибиреязвенного микроба методом MALDI-TOF MS с использованием ресурсов программы Mass-Up и комплекса пакетов для статистического программного обеспечения с открытым исходным кодом R. Материалы и методы. Cпоровая и вегетативная формы 32 штаммов B. anthracis из коллекции микроорганизмов Ставропольского противочумного института, в том числе 8 штаммов, выделенных при вспышке сибирской язвы на Ямале в 2016 году. Белковое профилирование проводили на MALDI-TOF масс-спектрометре Microflex «Bruker Daltonics». Результаты. Используемый альтернативный биоинформационно-статистический подход для анализа MALDI-TOF масс-спектров возбудителя сибирской язвы позволил дифференцировать споровую и вегетативную формы микроба на основании выявления соответствующих групп биомаркеров. Заключение. Проведено сравнение вегетативных и споровых клеток типичных и атипичных штаммов возбудителя сибирской язвы на основании данных MALDI-TOF MS. Экспериментально подтверждено, что белковые профили экстрактов культур сибиреязвенного микроба споровой и вегетативной форм существенно отличаются и это различие можно использовать для поиска потенциальных маркеров каждой из форм.

Об авторах

Д. В. Ульшина
Ставропольский противочумный институт
Россия


Е. И. Еременко
Ставропольский противочумный институт
Россия


Д. А. Ковалев
Ставропольский противочумный институт
Россия


А. Г. Рязанова
Ставропольский противочумный институт
Россия


И. В. Кузнецова
Ставропольский противочумный институт
Россия


Л. Ю. Аксенова
Ставропольский противочумный институт
Россия


О. В. Семенова
Ставропольский противочумный институт
Россия


О. В. Бобрышева
Ставропольский противочумный институт
Россия


Ю. В. Сирица
Ставропольский противочумный институт
Россия


А. Н. Куличенко
Ставропольский противочумный институт
Россия


Список литературы

1. Еременко Е.И., Рязанова А.Г., Цыганкова Е.А., Цыганкова О.И., Куличенко А.Н. Генотипические особенности штаммов Bacillus anthracis c разным проявлением признаков, ассоциированных с патогенностью. Проблемы особо опасных инфекций. 2010, 104:53-56.

2. Castanha E.R., Fox A., Fox K.F. Rapid discrimination of Bacillus anthracis from other members of the B. cereus group by mass and sequence of “intact” small acid soluble proteins (SASPs) using mass spectrometry. J. Microbiol. Methods. 2006, 67(2):230-240.

3. Dybwad M., van der Laaken A.L., Blatny J.M. et al. Rapid Identi cation of Bacillus anthracis Spores in Suspicious Powder Samples by Using Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization—Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS). Applied and Environmental Microbiology. 2013, 79(17): 5372-5383.

4. Elhanany E., Barak R., Fisher M. et al. Detection of specific Bacillus anthracis spore biomarkers by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry. Rapid Commun. Mass. Spectrom. 2001, 15(22):2210-2216.

5. Gibb S., Strimmer K. Mass spectrometry analysis using MALDIquant. Statistical Analysis of Proteomics, Metabolomics, and Lipidomics Data Using Mass Spectrometry. Springer. Cham. 2017:101-124.

6. Jeong Y.S., Lee J., Kim S.J. Discrimination of Bacillus anthracis Spores by Direct in-situ Analysis of Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry. Bull. Korean Chem. Soc. 2013, 34(9):2635-2639.

7. Jernigan D.B., Raghunathan P.L., Bell B.P. et al. Investigation of Bioterrorism-Related Anthrax, United States, 2001: Epidemiologic Finding, Emerging Infectious Diseases. 2002, 8(10):1019-1028.

8. Lasch P., Beyer W., Nattermann H. et al. Identification of Bacillus anthracis by Using Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization—Time of Flight Mass Spectrometry and Artificial Neural Networks. Applied and Environmental Microbiology. 2009: 7229-7242.

9. Meselson M., Guillemin J., Hugh-Jones M. et al. The Sverdlovsk anthrax outbreak of 1979. Science. 1994, 266(5188):1202-1208.

10. Pauker V.I., Thoma B.R., Grass G. et al.Improved discrimination of Bacillus anthracis from Closely Related Species in the Bacillus cereus sensulato Group based on MALDI-TOF Mass Spectrometry. J. Clin. Microbiol. 2018, doi: 10.1128/JCM.01900-17.

11. Theel E. Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry for the Identification of Bacterial and Yeast Isolates. Communique Mayo Medical Laboratories. January 2013.


Просмотров: 154


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)