Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ)

Расширенный поиск

ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ СТАБИЛЬНОСТИ СУБ-ШТАММА M. BOVIS BCG-1 (RUSSIA) В ПРОЦЕССЕ ПРОИЗВОДСТВА ВАКЦИНЫ БЦЖ

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-2-58-67

Полный текст:

Аннотация

Цель. Изучение структуры генома и анализ стабильности генетических свойств субштамма M. bovis BCG-1 (Russia), применяемого для производства вакцин. Материалы и методы. Было проведено полногеномное секвенирование и последующий сравнительный анализ образцов суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia) от рабочего банка до конечного пассажа производственного культивирования, а также производственных серий. Молекулярно-биологическими методами был проведен анализ числа тандемных повторов (VNTR) по 24 локусам и сполиготипирование. Результаты. Последовательность субштамма M. bovis BCG-1 (Russia) рабочего посевного банка была полностью собрана, аннотирована и депонирована в базу GenBank. Анализ DU2- и RD-регионов подтвердил принадлежность суб-штамма М. bovis BCG-1 (Russia) к группе DU2-I, BCG Russia. Полногеномное выравнивание образцов суб-штамма производственных серий вакцины на геном M. bovis BCG-1 (Russia) рабочего банка не выявило структурных отличий. Сполиготипирование и VNTR-профиль также продемонстрировали идентичность структур. Заключение. Результатом проведенного исследования явилось как подтверждение подлинности производственного суб-штамма M. bovis BCG-1 (Russia), так и демонстрация его генетической стабильности в процессе производства вакцины БЦЖ и БЦЖ-М. Стабильность генома суб-штамма опосредованно подтверждает стабильность производственных условий культивирования и качество производственного процесса.

Об авторах

Е. В. Отрашевская
НПО «Микроген»
Россия


В. Н. Винокурова
НПО «Микроген»
Россия


Е. А. Шитиков
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Е. А. Сотникова
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Т. А. Перевышина
НПО «Микроген»
Россия


С. А. Колченко
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Т. Б. Бутусова
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Е. С. Кострюкова
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Е. Н. Ильина
Федеральный научно-клинический центр физикохимической медицины
Россия


Г. М. Игнатьев
НПО «Микроген»; Санкт-Петербургский НИИ вакцин и сывороток и предприятие по производству бактерийных препаратов
Россия


Список литературы

1. Леви Д.Т., Обухов Ю.И., Александрова Н.В., Волкова Р.А., Эльберт Е.В., Альварес Фигероа М.В., Прокопенко А.В., Луданный Р.И.Оценка подлинности и стабильности вакцины БЦЖ методом мультиплексной ПЦР. Биопрепараты. Профилактика, диагностика, лечение. 2016, 16 (1): 49-53.

2. Abdallah A.M., Hill-Cawthorne G.A., Otto T.D. et al. Genomic expression catalogue of a global collection of BCG vaccine strains show evidence for highly diverged metabolic and cellwall adaptations. Sci. Rep. 2015, 5: 15443 (online).

3. Bedwell J., Kairo S.K., Behr M.A., Bygraves J.A. Identification of substrains of BCG vaccine using multiplex PCR. Vaccine. 2001, 19: 2146-2151.

4. Bespyatykh J.A., Zimenkov D.V., Shitikov E.A. et al. Spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis complex isolates using hydrogel oligonucleotide microarrays. Infection, Genetics, Evolution, 2014, doi:http://dx.doi.org/l0.1016/j.meegid.2014.04.024.

5. Boetzer M., Henkel C.V., Jansen H.J. et al. Scaffolding pre-assembled contigs using SSPACE. Bioinformatics. 2001, 4: 578-579.

6. Brosch R., Gordon S.V., Garnier T. et al. Genome plasticity of BCG and impact on vaccine efficacy. Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 2007, 13: 5596-5601.

7. Coll F., Mallard K., Preston M.D. et al. SpolPred: rapid and accurate prediction of Mycobacterium tuberculosis spoligotypes from short genomic sequences. Bioinformatics. 2012, 22: 29912993.

8. Delcher A.L., Phillippy A., Carlton J., Salzberg S.L. Fast algorithms for large-scale genome alignment and comparison. Nucleic Acids Res. 2002, 11: 2478-2483.

9. Knezevic I., Corbel M.J. WHO discussion on the improvement of the quality control of BCG vaccines. Pasteur Institute, Paris, France, 7 June 2005. Vaccine, 2006, 24: 3874-3877.

10. Koboldt D.C., Zhang Q., Larson D.E. VarScan 2: somatic mutation and copy number alteration discovery in cancer by exome sequencing. Genome Res. 2012, 3: 568-576.

11. Langmead B., Salzberg S.L. Fast gapped-read alignment with Bowtie 2. Nat. Methods. 2012, 4: 357-359.

12. Leung A.S., Tran V., Wu Z. et al. Novel genome polymorphisms in BCG vaccine strains and impact on efficacy. BMC Genomics. 2008, 9: 413.

13. Li H., Handsaker B., Wysoker A. The Sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics. 2009, 16: 2078-2079.

14. Magdalena J., Supply P., Locht C. Specific differentiation between Mycobacterium bovis BCG and virulent strains of the Mycobacterium tuberculosis complex. J. Clin. Microbiol. 1998, 9: 2471-2476.

15. Markey K., Ho M.M., Choudhury B. et al. Report of an international collaborative study to evaluate the suitability of multiplex PCR as an identity assay for different sub-strains of BCG vaccine. Vaccine. 2010, 28: 6964-6969.

16. Mostowy S., Tsolaki A.G., Small P.M. et al. The in vitro evolution of BCG vaccines. Vaccine. 2003, 21: 4270-4274.

17. Pan Y., Yang X., Duan J. et al. Whole-Genome sequences of four Mycobacterium bovis BCG vaccine strains. J. Bacteriol. 2011, 12: 3152-3153.

18. Pym A.S., Brosch R. Tools for the population genomics of the tubercle bacilli. Genome Res. 2000,12: 1837-1839.

19. Sotnikova E.A., Shitikov E.A., Malakhova M.V. et al. Complete genome sequence of Mycobacterium bovis strain BCG-1 (Russia). Genome Announcements. 2016, 4: 1-2.

20. Stefanova T. Quality control and safety assessment of BCG vaccines in the post-genomic era. Biotechnology Biotechnological Equipment. 2014, 28: 387-391.

21. Supply Р., Allix C., Lesjean S. et al. Proposal for standardization of optimized mycobacterial interspersed repetitive unit-variable-number tandem repeat typing of Mycobacterium tuberculosis. J. Clin. Microbiol. 2006, 12: 4498-4510.

22. WHO. Informal Consultation on Standardization and Evaluation of BCG Vaccines, 22-23 September 2009, WHO, Geneva, Switzerland. p.1-25

23. WHO. Information Sheet observed rate of vaccine reactions Bacille Calmette -Guerin (BCG) vaccine. Global Vaccine Safety, Immunization, Valines and Biologicals. Geneva. April 2012. p. 1-5.

24. WHO. Report WHO Consultation on the characterisation of BCG vaccines. Geneva, Switzerland, 8-9 December, 2004. p. 1-8.


Для цитирования:


Отрашевская Е.В., Винокурова В.Н., Шитиков Е.А., Сотникова Е.А., Перевышина Т.А., Колченко С.А., Бутусова Т.Б., Кострюкова Е.С., Ильина Е.Н., Игнатьев Г.М. ИЗУЧЕНИЕ ГЕНЕТИЧЕСКОЙ СТАБИЛЬНОСТИ СУБ-ШТАММА M. BOVIS BCG-1 (RUSSIA) В ПРОЦЕССЕ ПРОИЗВОДСТВА ВАКЦИНЫ БЦЖ. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии (ЖМЭИ). 2018;(2):58-67. https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-2-58-67

For citation:


Otrashevskaya E.V., Vinokurova V.N., Shilikov E.A., Sotnikova E.A., Perevyshina T.A., Kolchenko S.A., Butusova T.B., Kostryukova E.S., Ilina E.N., Ignalev G.M. M. BOVIS BCG-1 (RUSSIA) SUB-STRAIN GENOME STABILITY INVESTIGATION WITHIN THE ENTIRE PRODUCTION PROCESS. Journal of microbiology epidemiology immunobiology. 2018;(2):58-67. (In Russ.) https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-2-58-67

Просмотров: 152


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)