Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Расширенный поиск

МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ШТАММА SHIGELLA SONNEI-2013, ВЫДЕЛЕННОГО ПРИ ВСПЫШКЕ ДИЗЕНТЕРИИ В РЕСПУБЛИКЕ АБХАЗИЯ В 2013 ГОДУ

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2018-1-72-76

Полный текст:

Аннотация

Цель. Изучить молекулярно-генетические свойства штамма Shigella sonnei-2013, выделенного во время вспышки дизентерии в Республике Абхазия в 2013 г. Материалы и методы. Генетическое типирование исследуемого штамма осуществляли методом мультилокусного сиквенс-типирования (MLST). Анализировали нуклеотидные последовательности фрагментов 7 консервативных генов «домашнего хозяйства» adk, fumC, icd, mdh, purA, recA, gyrB. Секвенированные фрагменты ДНК сравнивали с референсными последовательностями из базы данных Escherichia coli MLST. Филогенетический анализ проводили с помощью метода UPGMA и компьютерной программы START 2. Полногеномное секвенирование выполняли на генетическом анализаторе Ion Torrent Personal Genome Machine (PGM™) с использованием фрагментных библиотек (shot-gun). Картирование ридов проводили в программе GS Reference Mapper. Результаты. Определен сиквенс-тип исследуемого штамма - ST-152, являющийся одним из распространенных генотипов для S. sonnei. Показана высокая степень сходства полученных контигов с последовательностью хромосомы и плазмид А, В, С и Е штаммов S. sonnei 53G и S. sonnei Ss046. Выявлены контиги с высоким процентом сходства с последовательностью плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Hli (Н30). В геноме штамма S. sonnei-2013 обнаружены, нуклеотидные последовательности 136 генов, расположенных на плазмиде p026-Vir штамма Е. coli 026:Н11 (Н30). Обнаружены гены, контролирующие биосинтез пилей IV типа, участвующих в адгезии к абиотическим поверхностям и формировании биопленки. Заключение. Выявлены структурные особенности штамма, обусловленные наличием фрагментов плазмиды вирулентности p026-Vir штамма Е. coli 026:Н 11 (НЗО).

Об авторах

О. В. Васильева
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


А. С. Волынкина
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


И. В. Кузнецова
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


С. В. Писаренко
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


А. Н. Куличенко
Ставропольский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


Список литературы

1. Определение чувствительности к антибактериальным препаратам. Методические указания МУК 2.4.1890-04. М., 2010.

2. Методические указания по микробиологической диагностике заболеваний, вызванных энтеробактериями. МУ 04-723/3. М., 1984.

3. Cao Y. et al. Multi-locus seguence typing (MLST) and repetitive extragenic palindromic polymerase chain reaction (REP-PCR), characterization ofShigella spp. overtwo decades in Tianjin China. Int. J. Mol. Epidemiol. Genetics. 2012, 3 (4): 321-332.

4. Hiruta N., Murase T, Okamura N. An outbreak of diarrhea due to multiple antimicrobial resistant Shiga toxin-producing Esherichia coli 026: H11 in a nursery. Epidemiol. Infect. 2000, 127 (127): 221-227.

5. Klausen M. et al. Biofilm formation by Pseudomonas aeruginosa wild-type, fagella, and type ГУ pili mutants. Mol. Microbiol. 2003, 48 (6): 1511-1524.

6. Konowalchuk J., Speirs J.I., Stavric S. Vero response to a cytotoxin of Esherichia coli. Infect. Immun. 1997, 18 (3): 775-779.

7. Misselwits J. et al. Cluster of hemolytic-uremic syndrome caused by Shiga toxin-producing Esherichia coli 026:H11. Pediatr. Infect. Dis. 2003, 22 (4): 349-354.

8. Srimanotc P., Paton A.W., Paton J.C. Characterization of a novel type I pilus locus encoded on the large plasmid of locus of enterocyte effacement-negative Shiga-toxigenic Escherichia coli strains that are virulent for humans. Infect. Immun. 2002,70 (60): 3094-3100.

9. Pina M. et al. The complete DNA segunce and analysis of the virulence plasmid and of five additional plasmids by Shiga toxin-producing Esherichia coli 026:H 11 strain H30. Intern. J. Med. Microbiol. 2011, 301: 192-203.

10. Werber D. et al. A multistate outbreak of Shiga toxin-producing Esherichia coli 026:H11 infections in Germany, detected by molecular sybtyping surveillance. J. Infect. Dis. 2002, 186 (3): 419-422.


Просмотров: 357


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)