Preview

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии

Расширенный поиск

ВЫЯВЛЕНИЕ INDEL-МАРКЕРОВ В ГЕНОМАХ ШТАММОВ BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI ДЛЯ ВНУТРИВИДОВОГО ГЕНОТИПИРОВАНИЯ

https://doi.org/10.36233/0372-9311-2017-4-35-41

Полный текст:

Аннотация

Цель. Поиск потенциальных 1NDEL-маркеров в геномах штаммов Burkholderia pseudomallei, а также оценка возможности их использования для внутривидового генотипирования. Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 25 штаммов В. pseudomallei с известными географическими регионами выделения из базы данных GenBank. Поиск INDEL-маркеров осуществляли с использованием авторского программного обеспечения GeneExpert. Кластерный анализ проводили с помощью генетической дистанции по R. Sokal и С. Michener и метода ближайшего связывания. Результаты. Выявлено 11 1NDEL- маркеров, которые позволили разделить исследуемые штаммы на 13 генотипов. Определен спектр INDEL-паттернов, характерный для австралийских штаммов. Показана возможность существования определенных филогеографических паттернов таиландских изолятов. Заключение. Выявлена возможность INDEL-маркеров дифференцировать изоляты В. pseudomallei на две географические популяции (астралийского и юго-восточноазиатского происхождения), которая позволит определять источник вспышки мелиоидоза и пути распространения возбудителя.

Ключевые слова


Об авторах

М. Л. Леденева
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


А. С. Водопьянов
Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт
Россия


Г. А. Ткаченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


С. О. Водопьянов
Ростовский-на-Дону научно-исследовательский противочумный институт
Россия


С. С. Савченко
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


И. М. Шпак
Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт
Россия


Список литературы

1. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Мишанькин Б.Н., Олейников И.П. Алгоритм компьютерного VNTR-типирования на основе неполных сиквенсов ДНК-штаммов Vibrio cholerae, выделенных на Гаити в 2010 г. ЗНиСО. 2013, 3: 28-30.

2. Водопьянов А.С., Водопьянов С.О., Олейников И.П., Мишанькин Б.Н., Кругликов В.Д., Архангельская И.В., Зубкова Д.А., Ежова М.И. 1NDEL- и VNTR-типирование штаммов Vibrio cholerae, выделенных в 2013 году из объектов окружающей среды на территории Российской Федерации. ЗНиСО. 2015, 5: 41-44.

3. Онищенко Г.Г., Сандахчиев Л.С., Нетесов С.В., Мартынюк Р.А. Биотерроризм: национальная и глобальная угроза. Вестник РАМН. 2003, 3: 195-204.

4. Badran S., Pedersen T.I., Roed С. et al. Imported melioidosis in Danish travellers: a diagnostic challenge. Scand. J. Infect. Dis. 2010, 42: 445-449.

5. Currie B.J., Haslem A., Pearson T. et al. Identification of melioidosis outbreak by multilocus variable number tandem repeat analysis. Emerg. Infect. Dis. 2009, 15: 169-174.

6. Hesstvedt L., Wilhelmsen M., Mengshoel A.G. et al. Two Norwegian patients with melioidosis presenting with bacteraemia and splenic and prostatic abscesses. J. Travel. Med. 2011, 18: 418-421.

7. Larsson P., Svensson K., Karlsson L. et al. Canonical insertion-deletion markers for rapid DN A typing of Francisella tularensis. Emerg. Infect.Dis. 2007, 13: 1725-1732.

8. Liguori A.P.,Warrington S.D.,Ginther J.L.etal. Diversity of 16S-23SrDNA Internal Transcribed Spacer (ITS) reveals phylogenetic relationships in Burkholderia pseudomallei and its nearneighbors. PLoS One. 2011, 6: e29323.

9. Limmathurotsakul D., Golding N., Dance D.A. et al. Predicted global distribution of and burden of melioidosis. Nat. Microbial. 2016, 1: 15008.

10. Oka K., Asari M., Omura T. et al. Genotyping of 38 insertion/deletion polymorphisms for human identification using universal fluorescent PCR. Mol. Cell. Probes. 2014, 28: 13-18.

11. Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 1987, 4: 406-425.

12. Santos E.P., Vinuesa P, Martinez-Aguilar L. et al. Phylogenetic analysis of Burkholderia species by multilocus sequence analysis. Curr. Microbiol. 2013, 67: 51-60.

13. Sawana A., Adeolu M., Gupta R.S. Molecular signatures and phylogenomic analysis of the genus Burkholderia: proposal for division of this genus into the emended genus Burkholderia containing pathogenic organisms and a new genus Paraburkholderia gen. nov. harboring environmental species. Front. Genet. 2014, 5: 1-22.

14. Sokal R.R., Michener C.D. A statistical method for evaluating systematic relationships. University of Kansas Science Bulletin. 1958, 38: 1409-1438.


Рецензия

Просмотров: 186


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 0372-9311 (Print)
ISSN 2686-7613 (Online)