Журналов:     Статей:        

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022; 99: 381-396

COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2

Акимкин В. Г., Попова А. Ю., Хафизов К. Ф., Дубоделов Д. В., Углева С. В., Семененко Т. А., Плоскирева А. А., Горелов А. В., Пшеничная Н. Ю., Ежлова Е. Б., Летюшев А. Н., Демина Ю. В., Кутырев В. В., Максютов Р. А., Говорун В. М., Дятлов И. А., Тотолян А. А., Куличенко А. Н., Балахонов С. В., Рудаков Н. В., Троценко О. Е., Носков А. К., Зайцева Н. Н., Топорков А. В., Лиознов Д. А., Андреева Е. Е., Микаилова О. М., Комаров А. Г., Ананьев В. Ю., Молдованов В. В., Логунов Д. Ю., Гущин В. А., Дедков В. Г., Черкашина А. С., Кузин С. Н., Тиванова Е. В., Кондрашева Л. Ю., Саенко В. В., Селезов C. Ю., Гасанов Г. А., Сванадзе Н. Х., Глазов М. Б., Остроушко А. А., Миронов К. О., Есьман А. С., Осина Н. А., Боднев С. А., Комиссаров А. Б., Даниленко Д. М., Богун А. Г., Скрябин Ю. П., Лопатовская К. В., Штрек С. В., Волынкина А. С., Гладких А. С., Котова В. О., Водопьянов А. С., Новикова Н. А., Сперанская А. С., Самойлов А. Е., Неверов А. Д., Шпак И. М.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-295

Аннотация

Актуальность. Продолжающаяся пандемия новой коронавирусной инфекции (COVID-19) определяет актуальность проведения молекулярного-генетического мониторинга распространения SARS-CoV-2 среди населения Российской Федерации.

Цель работы — анализ динамики циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 на территории России.

Материалы и методы. Проведён анализ динамики циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 с 28.12.2020 по 26.06.2022 на территории России. Использованы материалы отчёта Роспотребнадзора № 970 «Информация о случаях инфекционных заболеваний у лиц с подозрением на новую коронавирусную инфекцию», Российской платформы агрегации информации о геномах вирусов (VGARus). Наличие РНК SARS-CoV-2 было подтверждено методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени с обратной транскрипцией. Для проведения амплификации фрагментов генома и последующего секвенирования использовались разработанные в ЦНИИ Эпидемиологии праймерные панели.

Результаты и обсуждение. С помощью российской платформы VGARus, развёрнутой на базе ЦНИИ Эпидемиологии, получены данные о мутационной изменчивости SARS-CoV-2. Мониторинг циркуляции геновариантов SARS-CoV-2 на территории России с 28.12.2020 по 26.06.2022 выявил доминирование геновариантов Delta и Omicron на различных этапах эпидемии.

Заключение. Данные молекулярно-генетических исследований являются важнейшим компонентом эпидемиологического надзора для принятия управленческих решений по предотвращению дальнейшего распространения SARS-CoV-2 и формируют основу для создания новых вакцинных препаратов.

Список литературы

1. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Дубоделов Д.В., Тиванова Е.В. и др. Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Российской Федерации в 2020 г. Вестник Российской академии медицинских наук. 2021; 76(4): 412–22. https://doi.org/10.15690/vramn1505

2. Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А., Журавлев Г.Ю., Плоскирева А.А., Акимкин В.Г. Эпидемический процесс COVID-19 в Российской Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 1. Инфекционные болезни. 2020; 18(3): 7–14. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2020-3-7-14

3. Пшеничная Н.Ю., Лизинфельд И.А., Журавлев Г.Ю., Плоскирева А.А., Еровиченков А.А., Акимкин В.Г. Эпидемический процесс COVID-19 в Российский Федерации: промежуточные итоги. Сообщение 2. Инфекционные болезни. 2021; 19(1): 10–5. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-1-10-15

4. Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Сафронов В.А. и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 1: Модели реализации профилактических и противоэпидемических мероприятий. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (1): 6–13. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-6-13

5. Краснов Я.М., Попова А.Ю., Сафронов В.А., Федоров А.В., Баданин Д.В., Щербакова С.А. и др. Анализ геномного разнообразия SARS-CoV-2 и эпидемиологических признаков адаптации возбудителя COVID-19 к человеческой популяции (Сообщение 1). Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (3): 70–82. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-70-82

6. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Шипулина О.Ю., Яцышина С.Б., Тиванова Е.В. и др. Закономерности эпидемического распространения SARS-CoV-2 в условиях мегаполиса. Вопросы вирусологии. 2020; 65(4): 203–11. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211

7. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Дубоделов Д.В., Тиванова Е.В. и др. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID-19 на разных этапах эпидемии в Москве. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (3): 27–35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35

8. Щелканов М.Ю., Попова А.Ю., Дедков В.Г., Акимкин В.Г., Малеев В.В. История изучения и современная классификация коронавирусов (Nidovirales: Coronaviridae). Инфекция и иммунитет. 2020; 10(2): 221–46. https://doi.org/10.15789/2220-7619-HOI-1412

9. Kaptelova V.V., Bukharina A.Y., Shipulina O.Y., Korneenko E.V., Saenko S.S., Lukyanov A.V., et al. Case report: change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. BMC Infect. Dis. 2021; 21(1): 959. https://doi.org/10.1186/s12879-021-06664-w

10. Борисова Н.И., Котов И.А., Колесников А.А., КаптеловаВ.В., Сперанская А.С., Кондрашева Л.Ю. и др. Мониторинг распространения вариантов SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования. Вопросы вирусологии. 2021; 66(4): 269–78. https://doi.org/10.36233/0507-4088-72

11. Дубоделов Д.В., Савельер Е.В., Плоскирева А.А., Акимкин В.Г., Глазов М.Б., Гасанов Г.А. и др. Централизованная база данных для построения эпидемиологической аналитики по новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Патент РФ № 2021622334; 2021.

12. Дубоделов Д.В., Савельер Е.В., Плоскирева А.А., Акимкин В.Г., Глазов М.Б., Гасанов Г.А. и др. Эпидемиологическая аналитика по новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Патент РФ № 2021667476; 2021.

13. Попова А.Ю., ред. COVID-19: научно-практические аспекты борьбы с пандемией в Российской Федерации. Саратов: Амирит; 2021.

14. Беляков В.Д. Внутренняя регуляция эпидемического процесса (ответы на замечания и вопросы, поднятые при обсуждении теории). Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1987; 64(10): 78–89.

15. Беляков В.Д., Голубев Д.Б., Каминский Г.Д., Тец В.В. Саморегуляция паразитарных систем. Ленинград: Медицина; 1987.

Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2022; 99: 381-396

COVID-19: evolution of the pandemic in Russia. Report II: dynamics of the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants

Akimkin V. G., Popova A. Yu., Khafizov K. F., Dubodelov D. V., Ugleva S. V., Semenenko T. A., Ploskireva A. A., Gorelov A. V., Pshenichnaya N. Yu., Yezhlova E.B. , Letyushev A. N., Demina Yu. V., Kutyrev V. V., Maksyutov R. A., Govorun V. M., Dyatlov I. A., Totolian A. A., Kulichenko A. N., Balakhonov S. V., Rudakov N. V., Trotsenko O. E., Noskov A. K., Zaitseva N. N., Toporkov A. V., Lioznov D. A., Andreeva E. E., Mikailova O. M., Komarov A. G., Ananyev V. Yu., Moldovanov V. V., Logunov D. Yu., Gushchin V. A., Dedkov V. G., Cherkashina A. S., Kuzin S. N., Tivanova E. V., Kondrasheva L. Yu., Saenko V. V., Selezov S. Yu., Gasanov G. A., Svanadze N. Kh., Glazov M. B., Ostroushko A. A., Mironov K. O., Esman A. S., Osina N. A., Bodnev S. A., Komissarov A. B., Danilenko D. M., Bogun A. G., Skryabin Yu. P., Lopatovskaya K. V., Shtrek S. V., Volynkina A. S., Gladkikh A. S., Kotova V. O., Vodopyanov A. S., Novikova N. A., Speranskaya A. S., Samojlov A. E., Neverov A. D., Shpak I. M.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-295

Abstract

Background. The ongoing pandemic of the novel coronavirus infection (COVID-19) draws attention to the significance of molecular and genetic monitoring of the SARS-CoV-2 spread among the population of the Russian Federation. The aim of the study was to analyze the dynamics of circulation of SARS-CoV-2 genetic variants in Russia.

Materials and methods. The analysis of the circulation dynamics for SARS-CoV-2 genetic variants in Russia was carried out, covering the period from 28/12/2020 to 26/6/2022. The analysis included the data from Rospotrebnadzor Report No. 970 "Information about Infectious Diseases in Individuals with Suspected Novel Coronavirus Infection" and the Virus Genome Aggregator of Russia (VGARus). The presence of SARS-CoV-2 RNA was confirmed by the real-time reverse transcription polymerase chain reaction. The primer panels developed at the Central Research Institute of Epidemiology were used for amplification of genomic fragments and the subsequent sequencing.

Results and discussion. Using the Russian VGARus platform developed by the Central Research Institute of Epidemiology, we received the data on mutational variability of SARS-CoV-2. By monitoring the circulation of SARS-CoV-2 genetic variants in Russia from 28/12/2020 to 26/6/2022, we found that Delta and Omicron genetic variants prevailed at different stages of the epidemic.

Conclusion. The data of molecular and genetic studies are an essential component of epidemiological surveillance, being critically important for making executive decisions aimed at prevention of further spread of SARS-CoV-2 and laying the groundwork for creating new vaccines.

References

1. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Ploskireva A.A., Dubodelov D.V., Tivanova E.V. i dr. Kharakteristika epidemiologicheskoi situatsii po COVID-19 v Rossiiskoi Federatsii v 2020 g. Vestnik Rossiiskoi akademii meditsinskikh nauk. 2021; 76(4): 412–22. https://doi.org/10.15690/vramn1505

2. Pshenichnaya N.Yu., Lizinfel'd I.A., Zhuravlev G.Yu., Ploskireva A.A., Akimkin V.G. Epidemicheskii protsess COVID-19 v Rossiiskoi Federatsii: promezhutochnye itogi. Soobshchenie 1. Infektsionnye bolezni. 2020; 18(3): 7–14. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2020-3-7-14

3. Pshenichnaya N.Yu., Lizinfel'd I.A., Zhuravlev G.Yu., Ploskireva A.A., Erovichenkov A.A., Akimkin V.G. Epidemicheskii protsess COVID-19 v Rossiiskii Federatsii: promezhutochnye itogi. Soobshchenie 2. Infektsionnye bolezni. 2021; 19(1): 10–5. https://doi.org/10.20953/1729-9225-2021-1-10-15

4. Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Smolenskii V.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Safronov V.A. i dr. Epidemiologicheskie osobennosti novoi koronavirusnoi infektsii (COVID-19). Soobshchenie 1: Modeli realizatsii profilakticheskikh i protivoepidemicheskikh meropriyatii. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (1): 6–13. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-1-6-13

5. Krasnov Ya.M., Popova A.Yu., Safronov V.A., Fedorov A.V., Badanin D.V., Shcherbakova S.A. i dr. Analiz genomnogo raznoobraziya SARS-CoV-2 i epidemiologicheskikh priznakov adaptatsii vozbuditelya COVID-19 k chelovecheskoi populyatsii (Soobshchenie 1). Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (3): 70–82. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-70-82

6. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Shipulina O.Yu., Yatsyshina S.B., Tivanova E.V. i dr. Zakonomernosti epidemicheskogo rasprostraneniya SARS-CoV-2 v usloviyakh megapolisa. Voprosy virusologii. 2020; 65(4): 203–11. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211

7. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Ploskireva A.A., Dubodelov D.V., Tivanova E.V. i dr. Genderno-vozrastnaya kharakteristika patsientov s COVID-19 na raznykh etapakh epidemii v Moskve. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (3): 27–35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35

8. Shchelkanov M.Yu., Popova A.Yu., Dedkov V.G., Akimkin V.G., Maleev V.V. Istoriya izucheniya i sovremennaya klassifikatsiya koronavirusov (Nidovirales: Coronaviridae). Infektsiya i immunitet. 2020; 10(2): 221–46. https://doi.org/10.15789/2220-7619-HOI-1412

9. Kaptelova V.V., Bukharina A.Y., Shipulina O.Y., Korneenko E.V., Saenko S.S., Lukyanov A.V., et al. Case report: change of dominant strain during dual SARS-CoV-2 infection. BMC Infect. Dis. 2021; 21(1): 959. https://doi.org/10.1186/s12879-021-06664-w

10. Borisova N.I., Kotov I.A., Kolesnikov A.A., KaptelovaV.V., Speranskaya A.S., Kondrasheva L.Yu. i dr. Monitoring rasprostraneniya variantov SARS-CoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) na territorii Moskovskogo regiona s pomoshch'yu targetnogo vysokoproizvoditel'nogo sekvenirovaniya. Voprosy virusologii. 2021; 66(4): 269–78. https://doi.org/10.36233/0507-4088-72

11. Dubodelov D.V., Savel'er E.V., Ploskireva A.A., Akimkin V.G., Glazov M.B., Gasanov G.A. i dr. Tsentralizovannaya baza dannykh dlya postroeniya epidemiologicheskoi analitiki po novoi koronavirusnoi infektsii (COVID-19). Patent RF № 2021622334; 2021.

12. Dubodelov D.V., Savel'er E.V., Ploskireva A.A., Akimkin V.G., Glazov M.B., Gasanov G.A. i dr. Epidemiologicheskaya analitika po novoi koronavirusnoi infektsii (COVID-19). Patent RF № 2021667476; 2021.

13. Popova A.Yu., red. COVID-19: nauchno-prakticheskie aspekty bor'by s pandemiei v Rossiiskoi Federatsii. Saratov: Amirit; 2021.

14. Belyakov V.D. Vnutrennyaya regulyatsiya epidemicheskogo protsessa (otvety na zamechaniya i voprosy, podnyatye pri obsuzhdenii teorii). Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii. 1987; 64(10): 78–89.

15. Belyakov V.D., Golubev D.B., Kaminskii G.D., Tets V.V. Samoregulyatsiya parazitarnykh sistem. Leningrad: Meditsina; 1987.