Журналов:     Статей:        

Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2021; 98: 497-511

Характеристика эпидемиологической ситуации по COVID-19 в Санкт-Петербурге

Акимкин В. Г., Кузин С. Н., Колосовская Е. Н., Кудрявцева Е. Н., Семененко Т. А., Плоскирева А. А., Дубоделов Д. В., Тиванова Е. В., Пшеничная Н. Ю., Каленская А. В., Яцышина С. Б., Шипулина О. Ю., Родионова Е. Н., Петрова Н. С., Соловьева И. В., Квасова О. А., Вершинина М. А., Мамошина М. В., Клушкина В. В., Корабельникова М. И., Чурилова Н. С., Панасюк Я. В., Власенко Н. В., Остроушко А. А., Балмасов Е. С., Мосунов А. В.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-154

Аннотация

Цель. Определить эпидемиологические закономерности распространения SARS-CoV-2 среди населения Санкт-Петербурга за годовой период пандемии COVID-19.
Материалы и методы. Проведён анализ динамики случаев заболеваний COVID-19 в Санкт-Петербурге в период с 02.03.2020 по 04.04.2021 и гендерно-возрастной характеристики пациентов. Информация о пациентах (возраст, пол, форма заболевания, госпитализация, социально-профессиональная принадлежность) извлечена из базы данных, сформированной на основе материалов формы статистического учёта № 058/у.
Результаты. По прошествии года в динамике выявления случаев COVID-19 в Санкт-Петербурге можно выделить два цикла сезонного подъёма заболеваемости (весенний и осенне-зимний) и 8 периодов эпидемии. Установлено, что в структуре заболевших COVD-19 отсутствует гендерно-возрастная избирательность, о чём свидетельствуют относительно равномерные показатели заболеваемости мужчин и женщин на 100 тыс. населения в каждой возрастной группе в отдельные периоды эпидемии. Отчётливо выражена зависимость клинических проявлений COVID-19 от возраста пациентов: тяжёлые формы заболевания чаще диагностированы у пациентов старше 70 лет независимо от гендерной принадлежности. Наиболее вовлечёнными в эпидемический процесс COVID-19 по социально-профессиональному статусу были пенсионеры и лица, связанные по роду деятельности с обеспечением жизнедеятельности Санкт-Петербурга. Удельный вес пенсионеров среди заболевших COVID-19 составил 13,69% (мужчины) и 17,67% (женщины). Доля медицинских работников составила 3,67% (мужчины) и 9,41% (женщины).
Заключение. Высказано предположение, что COVID-19 формируется как сезонное заболевание с ежегодными осенне-зимними эпидемическими циклами. Обсуждаются перспективы вакцинопрофилактики COVID-19 в России и необходимость учёта в системе эпидемиологического надзора за COVID-19 случаев осложнений, патогенетически связанных с острой фазой заболевания.

Список литературы

1. Leung K., Shum M.H., Leung G.M., Lam T.T., Wu J.T. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Euro Surveill. 2021; 26(1): 2002106. https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106

2. Dey T., Chatterjee S., Manna S., Nandy A., Basak S.C. Identification and computational analysis of mutations in SARS-CoV-2. Comput. Biol. Med. 2021; 129: 104166. https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2020.104166

3. Rahimi F., Talebi Bezmin Abadi A. Implications of the emergence of a new variant of SARS-CoV-2, VUI-202012/01. Arch. Med. Res. 2021; 52(5): 569-71. https://doi.org/10.1016/j.arcmed.2021.01.001

4. Du Z., Wang L., Yang B., Ali S.T., Tsang T.K., Shan S., et al. Risk for international importations of variant SARS-CoV-2 originating in the United Kingdom. Emerg. Infect. Dis. 2021; 27(5): 1527-9. https://doi.org/10.3201/eid2705.210050

5. Wibmer C.K., Ayres F., Hermanus T., Madzivhandila M., Kgagudi P., Oosthuysen B., et al. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. Nat. Med. 2021; 27(4): 622-5. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01285-x

6. Tegally H., Wilkinson E., Lessells R.J., Giandhari J., Pillay S., Msomi N., et al. Sixteen novel lineages of SARS-CoV-2 in South Africa. Nat. Med. 2021; 27(3): 440-6. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01255-3

7. Villoutreix B.O., Calvez V., Marcelin A.G., Khatib A.M. In si-lico investigation of the new UK (B.1.1.7) and South African (501Y.V2) SARS-CoV-2 variants with a focus at the ACE2-spike RBD interface. Int. J. Mol. Sci. 2021; 22(4): 1695. https://doi.org/10.3390/ijms22041695

8. Ortuso F., Mercatelli D., Guzzi P.H., Giorgi F.M. Structural genetics of circulating variants affecting the SARS-CoV-2 spike/ human ACE2 complex. J. Biomol. Struct. Dyn. 2021; 1-11. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1886175

9. Кутырев В.В., Попова А.Ю., Смоленский В.Ю., Ежло-ва Е.Б., Демина Ю.В., Сафронов В.А. и др. Эпидемиологические особенности новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Сообщение 2: особенности течения эпидемического процесса COVID-19 во взаимосвязи с проводимыми противоэпидемическими мероприятиями в мире и Российской Федерации. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (2): 6-12. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-2-6-12

10. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Шипулина О.Ю., Яцышина С.Б., Тиванова Е.В. и др. Закономерности эпидемического распространения SARS-CoV-2 в условиях мегаполиса. Вопросы вирусологии. 2020; 65(4): 203-11. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211

11. Акимкин В.Г., Кузин С.Н., Семененко Т.А., Плоскирева А.А., Дубоделов Д.В., Тиванова Е.В. и др. Гендерно-возрастная характеристика пациентов с COVID-19 на разных этапах эпидемии в Москве. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (3): 27-35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35

12. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Мельникова А.А., Башкетова Н.С., Фридман Р.К., Лялина Л.В. и др. Популяционный иммунитет к SARS-CoV-2 среди населения Санкт-Петербурга в период эпидемии COVID-19. Проблемы особо опасных инфекций. 2020; (3): 124-30. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-124-130

13. Oran D.P., Topol E.J. Prevalence of asymptomatic SARS-CoV-2 infection: A narrative review. Ann. Intern. Med. 2020; 173(5): 362-7. https://doi.org/10.7326/m20-3012

14. Patel N.A. Pediatric COVID-19: systematic review of the literature. Am. J. Otolaryngol. 2020; 41(5): 102573. https://doi.org/10.1016/j.amjoto.2020.102573

15. Yanes-Lane M., Winters N., Fregonese F., Bastos M., Perlman-Arrow S., Campbell J.R., et al. Proportion of asymptomatic infection among COVID-19 positive persons and their transmission potential: A systematic review and meta-analysis. PLoS One. 2020; 15(11): e0241536. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0241536

16. Gandhi M., Yokoe D.S., Havlir D.V. Asymptomatic transmission, the Achilles' heel of current strategies to control COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020; 382(22): 2158-60. https://doi.org/10.1056/nejme2009758

17. Chhabra H.S., Bagaraia V., Keny S., Kalidindi K.K.V., Mal-lepally A., Dhillon M.S., et al. COVID-19: Current knowledge and best practices for orthopedic surgeons. Indian J. Orthop. 2020; 54(4): 1-15.

18. Richardson S., Hirsch J.S., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., et al. Presenting characteristics, comorbidities, and outcomes among 5700 patients hospitalized with COVID-19 in the New York city area. JAMA. 2020; 323(20): 2052-9. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775

19. Grasselli G., Zangrillo A., Zanella A., Antonelli M., Cabrini L., Castelli A., et al. Baseline characteristics and outcomes of 1591 patients infected with SARS-CoV-2 admitted to ICUs of the Lombardy region, Italy. JAMA. 2020; 323(16): 1574-81. https://doi.org/10.1001/jama.2020.5394

20. Jimenez E., Fontan-Vela M., Valencia J., Fernandez-Jimenez I., Alvaro-Alonso E.A., Izquierdo-Garda E., et al. Characteristics, complications and outcomes among 1549 patients hospitalised with COVID-19 in a secondary hospital in Madrid, Spain: a retrospective case series study. BMJ Open. 2020; 10(11): e042398. https://doi.org/10.1136/bmjopen-2020-042398

21. McDonald L.T. Healing after COVID-19: are survivors at risk for pulmonary fibrosis? Am. J. Physiol. Lung. Cell Mol. Physiol. 2021; 320(2): L257-65. https://doi.org/10.1152/ajplung.00238.2020

22. Sinanovic O., Muftic M., Sinanovic S. COVID-19 pandemia: neuropsychiatric comorbidity and consequences. Psychiatr. Danub. 2020; 32(2): 236-44. https://doi.org/10.24869/psyd.2020.236

23. Iadecola C., Anrather J., Kamel H. Effects of COVID-19 on the nervous system. Cell. 2020; 183(1): 16-27.e1. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.028

24. Sanchez-Russo L., Billah M., Chancay J., Hindi J., Cravedi P. COVID-19 and the kidney: a worrisome scenario of acute and chronic consequences. J. Clin. Med. 2021; 10(5): 900. https://doi.org/10.3390/jcm10050900

25. Вознюк И.А., Ильина О.М., Коломенцев С.В. Ишемический инсульт как клиническая форма и патогенетическая модель в структуре поражения центральной нервной системы при COVID-19. Вестник восстановительной медицины. 2020; 98(4): 90-8. https://doi.org/10.38025/2078-1962-2020-98-4-90-98

Journal of microbiology, epidemiology and immunobiology. 2021; 98: 497-511

Assessment of the COVID-19 epidemiological situation in St. Petersburg

Akimkin V. G., Kuzin S. N., Kolosovskaya E. N., Kudryavtceva E. N., Semenenko T. A., Ploskireva A. A., Dubodelov D. V., Tivanova E. V., Pshenichnaya N. Yu., Kalenskaya A. V., Yatcishina S. V., Shipulina O. Yu., Rodionova E. N., Petrova N. S., Solov'eva I. V., Kvasova O. A., Vershinina M. A., Mamoshina M. V., Klushkina V. V., Korabel'nikova M. I., Churilova N. S., Panasyuk Ya. V., Vlasenko N. V., Ostroushko A. A., Balmasov E. S., Mosunov A. V.

https://doi.org/10.36233/0372-9311-154

Abstract

Aim. Identification of epidemiological patterns of the SARS-CoV-2 spread among the population of St. Petersburg during the one-year COVID-19 pandemic period.
Materials and methods. The performed analysis focused on the dynamics of COVID-19 cases in St. Petersburg from 2/3/2020 to 4/4/2021 and on the gender-age profile of patients. The information about patients (age, gender, type of the disease, hospitalization, social, and occupational status) was obtained from the database containing the materials from statistical data form No. 058/u.
Results. After one year, the dynamics of reported cases of COVID-19 in St. Petersburg shows two cycles of seasonal surge (spring and autumn-winter) and 8 epidemic periods. It has been found that there are no gender-age differences among COVID-19 patients, which can be seen from the relatively similar number of cases among men and women per 100,000 people in each age group during specific epidemic periods. The strong association between clinical manifestations of COVID-19 and the patients' age was detected: Severe cases were more frequently diagnosed in patients over 70 years, regardless of their gender identity. Based on the social and occupational status, the people who were most exposed to the COVID-19 epidemic process were retirees and people whose occupation was associated with health and safety of St. Petersburg. Among the COVID-19 patients, retirees accounted for 13.69% (men) and 17.67% (women). The proportion of healthcare workers was 3.67% (men) and 9.41% (women).
Conclusion. It has been assumed that COVID-19 tends to be a seasonal disease featuring annual autumn-winter epidemic cycles. The study addressed prospects of preventive vaccination against COVID-19 in Russia and the importance of tracking the complications pathogenetically associated with the acute phase of the disease in the system of epidemiological surveillance.

References

1. Leung K., Shum M.H., Leung G.M., Lam T.T., Wu J.T. Early transmissibility assessment of the N501Y mutant strains of SARS-CoV-2 in the United Kingdom, October to November 2020. Euro Surveill. 2021; 26(1): 2002106. https://doi.org/10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106

2. Dey T., Chatterjee S., Manna S., Nandy A., Basak S.C. Identification and computational analysis of mutations in SARS-CoV-2. Comput. Biol. Med. 2021; 129: 104166. https://doi.org/10.1016/j.compbiomed.2020.104166

3. Rahimi F., Talebi Bezmin Abadi A. Implications of the emergence of a new variant of SARS-CoV-2, VUI-202012/01. Arch. Med. Res. 2021; 52(5): 569-71. https://doi.org/10.1016/j.arcmed.2021.01.001

4. Du Z., Wang L., Yang B., Ali S.T., Tsang T.K., Shan S., et al. Risk for international importations of variant SARS-CoV-2 originating in the United Kingdom. Emerg. Infect. Dis. 2021; 27(5): 1527-9. https://doi.org/10.3201/eid2705.210050

5. Wibmer C.K., Ayres F., Hermanus T., Madzivhandila M., Kgagudi P., Oosthuysen B., et al. SARS-CoV-2 501Y.V2 escapes neutralization by South African COVID-19 donor plasma. Nat. Med. 2021; 27(4): 622-5. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01285-x

6. Tegally H., Wilkinson E., Lessells R.J., Giandhari J., Pillay S., Msomi N., et al. Sixteen novel lineages of SARS-CoV-2 in South Africa. Nat. Med. 2021; 27(3): 440-6. https://doi.org/10.1038/s41591-021-01255-3

7. Villoutreix B.O., Calvez V., Marcelin A.G., Khatib A.M. In si-lico investigation of the new UK (B.1.1.7) and South African (501Y.V2) SARS-CoV-2 variants with a focus at the ACE2-spike RBD interface. Int. J. Mol. Sci. 2021; 22(4): 1695. https://doi.org/10.3390/ijms22041695

8. Ortuso F., Mercatelli D., Guzzi P.H., Giorgi F.M. Structural genetics of circulating variants affecting the SARS-CoV-2 spike/ human ACE2 complex. J. Biomol. Struct. Dyn. 2021; 1-11. https://doi.org/10.1080/07391102.2021.1886175

9. Kutyrev V.V., Popova A.Yu., Smolenskii V.Yu., Ezhlo-va E.B., Demina Yu.V., Safronov V.A. i dr. Epidemiologicheskie osobennosti novoi koronavirusnoi infektsii (COVID-19). Soobshchenie 2: osobennosti techeniya epidemicheskogo protsessa COVID-19 vo vzaimosvyazi s provodimymi protivoepidemicheskimi meropriyatiyami v mire i Rossiiskoi Federatsii. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (2): 6-12. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-2-6-12

10. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Shipulina O.Yu., Yatsyshina S.B., Tivanova E.V. i dr. Zakonomernosti epidemicheskogo rasprostraneniya SARS-CoV-2 v usloviyakh megapolisa. Voprosy virusologii. 2020; 65(4): 203-11. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-4-203-211

11. Akimkin V.G., Kuzin S.N., Semenenko T.A., Ploskireva A.A., Dubodelov D.V., Tivanova E.V. i dr. Genderno-vozrastnaya kharakteristika patsientov s COVID-19 na raznykh etapakh epidemii v Moskve. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (3): 27-35. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-27-35

12. Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Mel'nikova A.A., Bashketova N.S., Fridman R.K., Lyalina L.V. i dr. Populyatsionnyi immunitet k SARS-CoV-2 sredi naseleniya Sankt-Peterburga v period epidemii COVID-19. Problemy osobo opasnykh infektsii. 2020; (3): 124-30. https://doi.org/10.21055/0370-1069-2020-3-124-130

13. Oran D.P., Topol E.J. Prevalence of asymptomatic SARS-CoV-2 infection: A narrative review. Ann. Intern. Med. 2020; 173(5): 362-7. https://doi.org/10.7326/m20-3012

14. Patel N.A. Pediatric COVID-19: systematic review of the literature. Am. J. Otolaryngol. 2020; 41(5): 102573. https://doi.org/10.1016/j.amjoto.2020.102573

15. Yanes-Lane M., Winters N., Fregonese F., Bastos M., Perlman-Arrow S., Campbell J.R., et al. Proportion of asymptomatic infection among COVID-19 positive persons and their transmission potential: A systematic review and meta-analysis. PLoS One. 2020; 15(11): e0241536. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0241536

16. Gandhi M., Yokoe D.S., Havlir D.V. Asymptomatic transmission, the Achilles' heel of current strategies to control COVID-19. N. Engl. J. Med. 2020; 382(22): 2158-60. https://doi.org/10.1056/nejme2009758

17. Chhabra H.S., Bagaraia V., Keny S., Kalidindi K.K.V., Mal-lepally A., Dhillon M.S., et al. COVID-19: Current knowledge and best practices for orthopedic surgeons. Indian J. Orthop. 2020; 54(4): 1-15.

18. Richardson S., Hirsch J.S., Narasimhan M., Crawford J.M., McGinn T., Davidson K.W., et al. Presenting characteristics, comorbidities, and outcomes among 5700 patients hospitalized with COVID-19 in the New York city area. JAMA. 2020; 323(20): 2052-9. https://doi.org/10.1001/jama.2020.6775

19. Grasselli G., Zangrillo A., Zanella A., Antonelli M., Cabrini L., Castelli A., et al. Baseline characteristics and outcomes of 1591 patients infected with SARS-CoV-2 admitted to ICUs of the Lombardy region, Italy. JAMA. 2020; 323(16): 1574-81. https://doi.org/10.1001/jama.2020.5394

20. Jimenez E., Fontan-Vela M., Valencia J., Fernandez-Jimenez I., Alvaro-Alonso E.A., Izquierdo-Garda E., et al. Characteristics, complications and outcomes among 1549 patients hospitalised with COVID-19 in a secondary hospital in Madrid, Spain: a retrospective case series study. BMJ Open. 2020; 10(11): e042398. https://doi.org/10.1136/bmjopen-2020-042398

21. McDonald L.T. Healing after COVID-19: are survivors at risk for pulmonary fibrosis? Am. J. Physiol. Lung. Cell Mol. Physiol. 2021; 320(2): L257-65. https://doi.org/10.1152/ajplung.00238.2020

22. Sinanovic O., Muftic M., Sinanovic S. COVID-19 pandemia: neuropsychiatric comorbidity and consequences. Psychiatr. Danub. 2020; 32(2): 236-44. https://doi.org/10.24869/psyd.2020.236

23. Iadecola C., Anrather J., Kamel H. Effects of COVID-19 on the nervous system. Cell. 2020; 183(1): 16-27.e1. https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.08.028

24. Sanchez-Russo L., Billah M., Chancay J., Hindi J., Cravedi P. COVID-19 and the kidney: a worrisome scenario of acute and chronic consequences. J. Clin. Med. 2021; 10(5): 900. https://doi.org/10.3390/jcm10050900

25. Voznyuk I.A., Il'ina O.M., Kolomentsev S.V. Ishemicheskii insul't kak klinicheskaya forma i patogeneticheskaya model' v strukture porazheniya tsentral'noi nervnoi sistemy pri COVID-19. Vestnik vosstanovitel'noi meditsiny. 2020; 98(4): 90-8. https://doi.org/10.38025/2078-1962-2020-98-4-90-98